Es hat sich gezeigt, daß die Analyse von metastabilen Strukturen im Anschluß an die TGGE durch chemische Modifikation (Ehresmann et al., 1987) keine eindeutigen Ergebnisse lieferten. Wie schon beschrieben, können unterschiedliche Strukturen ähnliche Gelmobilitäten bzw. die idenditischen Sequenzbereiche in verschieden Helices aufweisen. Dagegen kann der Nachweis von Motiven in einem Strukturensemble durch die Hybridisierung von spezifischen Oligonukleotiden gegen einzelsträngige Sequenzbereiche in Nukleinsäuren erfolgen (Schröder, 1998; Le Cuyter & Crothers, 1994; Uhlenbeck et al., 1970; Weller & Hill, 1992; Pinard et al., 1995). Diese Methode wurde im hiesigen Institut von Schröder (1998) für den Nachweis des HPII etabliert und ermöglicht in Kombination mit der TGGE die Detektion von Gelbanden, in denen der HPII als Strukturmotiv enthalten ist.