Verwendete Ionenstärken

In den Transkriptionsansätzen enthalten waren jeweils 20mM Na⁺- und 8mM Mg^{2 +}-Ionen (vgl. Abschnitt 3.3.4). Um die Reaktion durch die Komplexierung sämtlicher Mg^{2 +}-Ionen zu stoppen, wurden die Ansätze mit EDTA versetzt, was keine Auswirkung auf die vorliegenden RNA-Strukturen hat. Damit sind nur noch die Na⁺-Ionen als für die Faltung (Stabilität) der RNA relevante Ionen zu berücksichtigen. Durch das sofortige Auffüllen der Ansätze nach dem Transkriptionsstopp auf 600 $\mu$ l mit 0,2x TBE wurden diese um 1:15 verdünnt. Die Na⁺-Ionen liegen somit in einer Endkonzentration von 1,3mM vor, was größenordnungsmäßig der niedrigen Ionenstärke des 0,2x TBE-Puffers ($\approx$ 3mM) während des Gellaufs entspricht. Unter diesen Niedrigsalzbedingungen wird eine Veränderung der in den Ansätzen vorliegenden Strukturverteilung drastisch verzögert, da die T_M-Werte der einzelnen Strukturelemente weit oberhalb von Raum- bzw. Inkubationstemperatur liegen und die Umlagerungsgeschwindigkeiten verringert sind.