Temperaturgradientengelelektrophorese

Zur Analyse der Strukturverteilung im Anschluß an die in vitro-Transkription hat die Temperaturgradientengelelektrophorese (TGGE) den entscheidenden Vorteil, daß die Ansätze ohne weitere Aufreinigung verwendet werden können, da die Vollängentranskripte während des Gellaufs von Abbruch-Transkripten, der Plasmid-cDNA und Enzymen getrennt werden. Somit vergingen nur 1 bis 2min nach dem Stoppen der in vitro-Synthese bis zum Beginn des TGGE-Vorlaufs. Nach weiteren 10min waren die Proben aus den Auftragstaschen weit genug in die Gelmatrix eingelaufen, so daß nach dem Abdecken des Gels mit Kopierfolie das Anlegen des Temperaturgradient en erfolgen konnte, was bis zur Temperaturkonstanz weitere 10min in Anspruch nahm. Nun folgte die eigentliche Elektrophorese für 2,5h. Die synthetisierten Transkripte lagen also bis zum Beginn der Auftrennung der Moleküle im Gel ca. 20min unter Niedrigsalzbedingungen (siehe Abschnitt ``Verwendete Ionenstärke`` auf S.) vor, die den Bedingungen während der Gelelektrophorese entsprachen.