Mit den Teilprogrammen BESTFIT, FINDPATTERNS, FASTA und REVERSE des GCG-Programmpaket (Devereux et al., 1984; Genetics Computer Group, 1999) wurden die PCR-Primer konstruiert und die Analyse der Sequenzierergebnisse durchgeführt.
Die Berechnung der TM-Werte der DNA-Oligonukleotide (siehe
Tabelle 2.1) wurde mit Hilfe des ,,Poland``-Programms
(Steger, 1994,1999) ermittelt. Gerechnet wurde mit den
thermodynamischen Parametern für die Denaturierung von DNA bei einer
Ionenstärke von 100mM NaCl (nach Klump (1987)), einer
Dissoziationskonstante 
von 1 x 10-3M-1 und der eingesetzten
Primer-Konzentration von 2x 10-10M .
Die theoretische Berechnung von Sekundärstrukturen wurde mit den Programm LinAll durchgeführt. Mit dem zugrunde liegenden Algorithmus (Nussinov & Tinoco, 1981; Zuker & Stiegler, 1981; Nussinov et al., 1978; Steger et al., 1984) können nach dem Prinzip der Energieminimierung thermodynamisch stabile Strukturen in Abhängigkeit von der Temperatur berechnet und dargestellt werden. Das Teilprogramm DENATURE (Schmitz & Steger, 1992) berechnet die theoretische optische Denaturierungskurve thermodynamisch günstigster Sekundärstrukturen. Mit dem Unterprogramm MOBI (Mundt, 1993) erfolgte die Simulation von TGGEs zum Vergleich mit den experimentellen Ergebnissen.