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Abkürzungsverzeichnis
Bildung metastabiler RNA-Strukturen durch sequentielle Faltung von Viroid-Transkripten
Diplomarbeit
vorgelegt von
Stefan Andreas Gräf
aus Essen
Düsseldorf 1999
Abkürzungsverzeichnis
Einleitung
Viroide
Eigenschaften der Viroidstruktur
Viroid-Replikation
Bedeutung und Eigenschaften der HaarnadelstrukturII
Methoden zur Analyse von Strukturverteilungen
Temperaturgradientengelelektrophorese
Oligonukleotid-Kartierung
Aufgabenstellung
Material
Bezugsquellen
Pufferverzeichnis
Bakterienstämmme
Vektoren
DNA- und RNA-Oligonukleotide
Methoden
Phenol-Chloroform-Extraktion
Nukleinsäure-Fällungen
Ethanol-Natriumacetat-Fällung
Ethanol-Ammoniumacetat-Fällung
PEG-Fällung
Enzymatische Reaktionen
Polymerase-Kettenreaktion (PCR)
Restriktionsendonuklease-Reaktionen
T4-DNA-Ligase-Reaktionen
in vitro
-Transkription
5'-Endmarkierung von Oligonukleotiden
Transformation von
Escherichia coli
Gelelektrophoretische Analysen
Denaturierende Polyacrylamid-Gelelektrophorese
Native Polyacrylamid-Gelelektrophorese
Temperaturgradientengelelektrophorese (TGGE)
Silberfärbung von Polyacrylamid-Gelen
Autoradiographie und Bio-(Phospho-)Imaging
Native Agarose-Gelelektrophorese
Hybridisierung von Struktursonden
Präparative Methoden
Plasmid Mini-Präparation
Plasmid Maxi-Präparation
Gelelution von Plasmid-DNA
Gelelution von Nukleinsäuren aus Polyacrylamidgelen
Plasmid-DNA-Sequenzierung
Absorptionsmessungen
Computergestützte Analysen
Ergebnisse
Konstruktion der Plasmide pSG111 und pSG325
Analyse der Strukturverteilungen
Allgemeines
Herstellung der Viroid-Transkripte
Temperaturgradientengelelektrophorese
Nachweis der Transkripte
Verwendete Ionenstärken
Strukturverteilung nach
in vitro
-Transkription
Untersuchung der mit pSG111 hergestellten Transkripte
Untersuchung der mit pSG325 hergestellten Transkripte
Nachweis von HPII-Strukturen
Prinzip des Nachweises
Nachweis des HPII in den pSG111-Transkripten
Nachweis des HPII in den pSG325-Transkripten
Theoretische Sekundärstrukturanalyse
Sekundärstrukturanalyse der pSG111-Transkripte
Sekundärstrukturanalyse der pSG325-Transkripte
Diskussion
Konstruktion der Transkriptionsvektoren
Bedingungen für den Nachweis metastabiler RNA-Strukturen
Strukturverteilungsanalyse und sequentielle Faltung
Spezifität der Struktursonde
Zusammenfassung
Literaturverzeichnis
Literatur
Abbildungsverzeichnis
Tabellenverzeichnis
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S. Gräf